Pendant la Révolution, il multiplia par trois le fonds dont il avait la charge : le nombre d’imprimés de la Bibliothèque nationale passa de 300 000 à plus d’un million. Il effectua des choix habiles dans les dépôts littéraires de Paris et de Versailles. Après l’incendie de l’abbaye de Saint-Germain-des-Prés (19-20 août 1794), il parvint à obtenir une partie de ses fonds, passant plusieurs jours dans les caves de l’abbaye ruinée. Enfin, il en profita pour acheter en librairie ou en vente publique.
Il obtint pour la Bibliothèque Nationale des bibliothèques entières au fur et à mesure de l’avancée des troupes françaises en Europe (notamment en Italie). Au moment de rendre les livres ainsi obtenus, nombreux furent ceux qui avaient été opportunément « égarés ». Parfois, des exemplaires de la BN, moins bien conservés, furent substitués au véritable exemplaire confisqué. Un réseau de savants informateurs lui signalaient également les bibliothèques privées proposées à la vente : il entretint ainsi une copieuse correspondance et acheta de très importantes bibliothèques privées pour le compte de la Bibliothèque Nationale (vente Loménie de Brienne (1792), vente Panzer (1807), vente du comte MacCarthy (1817), etc.)
Son rôle dans l’accroissement des collections, sa longue présence à la Bibliothèque Nationale et sa science bibliographique en firent longtemps un interlocuteur obligé pour la consultation des ouvrages anciens de la Bibliothèque Nationale. À une époque où les livres n'étaient pas catalogués, on le qualifie parfois de « catalogue vivant ». Lui-même s’intéressa particulièrement aux incunables et au livres sur vélin, dont il donna une bibliographie.
Au fil de ses visites dans les magasins, Van Praet y repéra un grand nombre d’ouvrages très précieux qu’il jugea prudent de classer à part, dans des fonds particuliers : vélins, incunables, éditions annotées, riches reliures, etc. Ainsi naquit la notion de « réserve » : il y en avait une par type de livre, jusqu’à ce que l’ensemble de ces collections furent rassemblées dans un unique local en 1836. Van Praet légua sa propre collection de vélins à la Bibliothèque Nationale.
Son rôle pendant la Révolution est essentiel pour l’enrichissement des collections. Créateur de la Réserve, bibliographe, il est jusqu’à sa mort le véritable « catalogue vivant » des collections imprimées de l’établissement.Plus que son action comme président du conservatoire de la Bibliothèque Nationale de 1830 à 1831 et en 1832, les 53 ans passés à la Bibliothèque Nationale ont été fondamentaux dans l’évolution de cette dernière.