Le décret du 30 octobre 1935 prévoit la « fusion des bibliothèques musicales ». L'objectif est de regrouper trois fonds musicaux, celui de la Bibliothèque nationale, celui de la bibliothèque-musée de l'Opéra et celui du Conservatoire national supérieur de musique et d'art dramatique. Les fonds musicaux de la Bibliothèque nationale étaient alors partagés entre le département des imprimés et des manuscrits. Le rapport de présentation du décret envisage que cet ensemble pourrait « former un département de la Bibliothèque nationale ». Les autres objectifs affichés du décret sont la constitution d'un catalogue général ainsi qu'une diminution des dépenses de fonctionnement. Le Département de la Musique est créé en 1942, il regroupe l'ancien fonds musical des Imprimés, et depuis 1964, les fonds précieux provenant du Conservatoire nationale de musique. Les bibliothèques du Conservatoire et de l'Opéra lui sont rattachées administrativement. Le département de la Musique de la Bibliothèque Nationale est donc constitué par trois sections distantes topographiquement : la section musicale de la Bibliothèque Nationale, la bibliothèque musicale du Conservatoire national de musique et la Bibliothèque musicale du Théâtre national de l’Opéra à laquelle est rattaché le musée de l’Opéra. Chaque section a ses magasins de conservation et sa salle de communication. Mais toutes les opérations d’acquisitions et de catalogage courant sont centralisées à la Bibliothèque Nationale. Depuis 1964, les fonds anciens de la Bibliothèque musicale du Conservatoire sont installés au siège du département de la Musique, au 2, rue Louvois. Ceci accentue les spécialisations de chacune des trois sections : recherches musicologique de la Bibliothèque Nationale, pédagogie musicale au Conservatoire et théâtre lyrique et danse à l’Opéra. Le département conserve la musique imprimée entrée par voie de Dépôt Légal, des ouvrages concernant la musique et les musiciens, des périodiques spécialisés, un ensemble de manuscrits, des lettres de musiciens, divers fonds spéciaux, des portraits de musiciens,...
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1671 : création de l’académie royale de musique
Vers 1738 : Lallemand, premier « copiste » connu. Parallèlement à la production de spectacles, l’Opéra conserve les partitions et partie d’orchestre au bureau de la copie, ce qui constitue un embryon de bibliothèque musicale. La partie la plus ancienne de ce bureau date de 1672, mais les collections homogènes de manuscrits de ce bureau ne remontent qu’au début du XVIIIe siècle.
1749 : L’administration de l’Opéra passe dans les attributions de la Ville de Paris, et on commence à tenir les registres de recettes et états d’émargement qui constituent un début d’archives.
1763, 1781, 1873 : Incendies des salles de l’Opéra. Les archives et le fonds musical, conservés dans un magasin distinct (1763, 1781) ou déjà transférés dans la majorité au palais Garnier (1873), sont sauvegardés.
1866 : Un arrêté fonde la bibliothèque-musée de l’Opéra qui est confiée à Charles Nuitter, archiviste. Le bureau de la copie, maintenu, est alors détaché de la bibliothèque.
1869 : Ernest Reyer est nommé bibliothécaire
1875 : Ouverture des archives-bibliothèque de l’Opéra au palais Garnier regroupant les archives, la bibliothèque musicale (dont Lajarte dresse le catalogue trois ans plus tard) et la bibliothèque dramatique (restreinte et de création récente).
1882 : La bibliothèque de l’Opéra déménage côté jardin dans le pavillon initialement prévu pour Napoléon III. On lui adjoint une galerie destiné à former un musée.
1932 : A l’exception des registres reliés, les archives de l’Opéra sont versées aux Archives Nationales
1935 : Dépendant jusqu’alors directement du secrétariat d’état aux Beaux-Arts, la bibliothèque-musée de l’Opéra (B.M.O) est rattachée à la Bibliothèque nationale.
1942 : La B.M.O est rattachée au département de la musique de la Bibliothèque nationale lors de sa création.
1992 : Restauration de la salle de lecture, réaménagement et extension du musée grâce au Ministère de la culture et à un mécène privé.