Les origines de la Réserve se confondent avec celles de la Bibliothèque nationale et avec le travail d’un homme, Joseph Van Praet, « garde des imprimés », qui entreprit vers 1792 d’extraire les volumes rares des fonds de l’ancienne Bibliothèque royale, considérablement accrus par les confiscations révolutionnaires.
Après deux siècles de développement dans les bâtiments de la rue de Richelieu, la Réserve des livres rares est devenue un département de la Bibliothèque nationale de France en 1995 et a accompagné le transfert des collections de documents imprimés vers le site François-Mitterrand.