Riche de 429 cotes, le fonds mexicain est fondé pour sa majeure partie sur la collection qu'Eugène Goupil, « né au Mexique, de père français et de mère mexicaine descendante des Aztèques en ligne directe », avait acquise en 1889 à Paris de Joseph-Marie Aubin dans « l'intention de la léguer à la Bibliothèque Nationale ». Dès 1891, il en avait fait publier le catalogue établi par Eugène Boban où l'on trouvera détaillée l'histoire de la collection réunie par Joseph-Marie Aubin au Mexique entre 1830 et 1840.
Lorsque la veuve d'Eugène Goupil exécuta sa volonté et offrit cette extraordinaire collection à la Bibliothèque en 1898, le fonds mexicain ne comptait que 17 numéros pour 16 volumes. Cet « Ancien Fonds », dont le premier manuscrit, le Codex Telleriano-Remensis avait été donné à la Bibliothèque du roi en 1700 par Charles-Maurice Le Tellier, archevêque de Reims, fut recoté à la suite de la collection Goupil ; il occupe désormais les numéros 385 à 400 du fonds mexicain.
Les manuscrits entrés ultérieurement proviennent presque tous du comte de Charencey (nos 403 à 426) ; beaucoup avaient fait partie de la collection de l'abbé Brasseur de Bourbourg puis de celle d'Alphonse Pinart. Il est à noter que les manuscrits que la Bibliothèque acquit à la vente Pinart en 1884 ont été intégrés au fonds américain (nos 38 à 71 et 73) ; ceux, de même origine, donnés par le comte de Charencey ont été adjoints au fonds mexicain, à l'exception de trois, cotés américain 75 à 77.
Il s'agit d'un fonds « composite », comportant des manuscrits pictographiques originaux (70 environ), avec leurs copies anciennes, de première importance, dues à Don Antonio de Léon y Gama ou au père José Pichardo, quelques fac-similés, des notes ou études sur les manuscrits, mais aussi des cartes et des descriptions géographiques, ainsi que des textes historiques.
Les langues nahuatl, otomi, maya voisinent avec l'espagnol ou le français, parfois sur le même document riche de gloses et de commentaires successifs.