Plus de 8000 volumes de ce prélat appartiennent aux collections imprimées de la bibliothèque depuis 1765, après avoir été sous la garde de la maison professe des Jésuites de Paris pendant la plus grande partie du XVIIIe siècle. Ces livres ont été intégrés individuellement aux fonds portés des lettres non cataloguées ou dans les différentes sections des lettres cataloguées; beaucoup également se trouvent à la Réserve des livres rares. Presque tous sont reliés de veau fauve ou brun aux armes ("d’azur, à 2 mouchetures d’hermine d’argent en chef, et 3 grillets renversés d’or en pointe") frappées sur les plats extérieurs. Au contreplat, un ex-dono gravé rappelle les conditions de la donation de 1692, au-dessus de la cote de la maison professe. La page de titre porte cette formule, imprimée sur une bande rapportée : "Ne extra hanc Bibliothecam efferatur ex obedientia". Il n’existe pas de catalogue imprimé de cette bibliothèque, à la fois bibliothèque de prestige, par la beauté et la rareté de certains exemplaires, et bibliothèque de savant, remarquable en particulier pour les annotations érudites de la main de son propriétaire. Tous les domaines du savoir y sont représentés, mais la théologie, la philosophie et la littérature y ont une place de choix. La plupart des manuscrits de Huet ont subi le même sort que les imprimés : légués aux Jésuites de Paris par l’évêque d’Avranches, ils portent la mention "paraphé au desir de l’arrest du 5 juillet 1763 [signé] Mesnil" et ont été remis à la Bibliothèque royale après les péripéties que l’on saît (voir Paris. Jésuites). On y compte 45 manuscrits grecs dont quelques-uns de la main de Huet, une quinzaine de manuscrits latins et plus de cinquante manuscrits en français, qui portent l’ex-libris du prélat et parfois une reliure à ses armes. La plupart de ces volumes figurent dans le catalogue imprimé de la maison professe qui leur est consacré. Un autre lot de manuscrits, contenant plutôt des chartes, des papiers de travail et la correspondance de Huet, a été remis par lui à ses héritiers. Passé dans le cabinet de M. Amédée-Louis Léchaudé d’Anisy (1772-1857), antiquaire et érudit normand, il a été acheté par le département des Manuscrits en 1859.
Pélisson-Karro, Françoise. "La bibliothèque de Pierre-Daniel Huet, évêque d'Avranches, entre la maison professe des jésuites et la Bibliothèque du Roi". Dans : Mélanges autour de l'histoire des livres imprimés et périodiques, Paris : BnF, 1998, p. 107-130 Catalogus manuscriptorum bibliothecae professae Parisiensis, Paris, 1764 Delisle, Léopold. Le Cabinet des Manuscrits de la Bibliothèque impériale [puis nationale], t. I, Paris, 1868, p. 437-438 et t. II, Paris, 1874, p. 305-306. Guigard, Joannis. Nouvel armorial du bibliophile… Paris, 1890, T. 1, p. 296-297
Catalogue…, 1763, [Delta 11226